• Document: Sensitivitas dan Spesifisitas Nested Polymerase Chain Reaction untuk Mendeteksi DNA Coxiella burnetii
  • Size: 146.12 KB
  • Uploaded: 2019-05-17 14:34:41
  • Status: Successfully converted


Some snippets from your converted document:

Jurnal Veteriner Maret 2012 Vol. 13 No. 1: 51-56 ISSN : 1411 - 8327 Sensitivitas dan Spesifisitas Nested Polymerase Chain Reaction untuk Mendeteksi DNA Coxiella burnetii (SENSITIVITY AND SPECIFICITY OF NESTED POLYMERASE CHAIN REACTION FOR DETECTION OF COXIELLA BURNETII DNA) Trioso Purnawarman1, I Wayan Teguh Wibawan2, Fachriyan Hasmi Pasaribu2, Agus Setiyono3, Muharam Saepulloh4 1 Bagian Kesehatan Masyarakat Veteriner, 2 Bagian Mikrobiologi Medik, 3 Bagian Patologi Fakultas Kedokteran Hewan, Institut Pertanian Bogor Jl Agatis Kampus IPB Dramaga Bogor 16680 Telepon:+62-251-8625588, Email: trioso18@yahoo.com 4 Balai Besar Penelitian Veteriner, Cimanggu, Bogor ABSTRAK Telah dilakukan penelitian sensitivitas dan spesifisitas menggunakan nested polymerase chain reaction (nested PCR) untuk mendeteksi keberadaan DNA Coxiella burnetii (C. burnetii). Nested PCR menggunakan primer eksternal (OMP1, OMP2) dan internal (OMP3, OMP4), didisain dari sekuen nukleotida gen com 1 yang mengkode OMP 27 kD serta digunakan untuk mengamplifikasi fragmen sepanjang 501 pb dan 438 pb. Nested PCR mempunyai tingkat sensitivitas 50 kali lebih tinggi dibandingkan dengan PCR yang hanya menggunakan primer eksternal. Hasil uji sensitivitas didapat limit deteksi nested PCR menggunakan DNA murni mencapai 300 pg/µl. Berdasarkan uji spesifisitas, nested PCR hanya dapat mendeteksi DNA C. burnetii dan tidak terjadi hibridisasi silang dengan DNA Brucella abortus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa dan Campylobacter Jejuni. Nested PCR sudah digunakan sebagai metode diagnosis untuk penyakit Q fever yang disebabkan oleh C. burnetii. Kata Kunci: nested PCR, Coxiella burnetii, sensitivitas dan spesifisitas ABSTRACT Sensitivity and specificity of nested polymerase chain reaction (nested PCR) to detect Coxiella burnetii (C. burnetii) DNA were studied. The primer system which consists of external primers (OMP1 and OMP2) and internal primers (OMP3 and OMP4), was designed from the nucleotide sequence of the com I gene encoding for 27 kDa outer membrane protein and used to specifically amplify a 501 bp and 438 bp fragment. This nested PCR assay was 50 fold more sensitive than that of using PCR external primer only. The Nested PCR has a detection limit as low as 300 pg/µl. Specificity studies showed that nested PCR only detected C. burnetii DNA and did not happened Brucella abortus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Campylobacter Jejuni DNA. Nested PCR has high senstively and specificaly diagnostic method of C. burnetii as agent of Q fever disease. Key words: nested PCR, Coxiella burnetii, sensitivity and specificity PENDAHULUAN Penyakit ini disebabkan oleh C. burnetii yang bersifat obligat intraseluler, termasuk Query fever (Q fever) merupakan penyakit bacteria like organism, gram negatif dan zoonosa yang sangat infeksius, menyebar luas berbentuk pleomorfik (bentuknya tidak tetap, hampir di seluruh dunia, menginfeksi orang batang atau kokoid), berukuran lebar 0,2-0,5 yang berhubungan dengan pekerjaaannya mikron dan panjang 0,4-1.0 mikron, mempunyai (occupational hazard) dan dapat ditularkan dua bentuk yaitu besar (large form/large cell melalui makanan (foodborne disease) (Vaidya variant) dan kecil (small form/small cell et al., 2008). variant) yang diduga sebagai bentuk yang 51 Purnawarman et al Jurnal Veteriner infeksius (Fournier et al., 1998; Heinzen et al., endokarditis, infeksi osteoartikular dan 1999). C. burnetii memiliki dua bentuk antigen pneumonia fibrosis. Kematian pada penderita yakni antigen fase I dan fase II. Fase I kasus kronis bisa mencapai 25-65% (bila ditemukan di alam atau hewan (patogenik), mempunyai faktor imunosupresan), sehingga sedangkan fase II ditemukan setelah dibiakkan dari segi kesehatan masyarakat veteriner, di telur tertunas atau sel kultur (kurang penyakit Q fever perlu mendapat perhatian yang patogenik) (Angelakis dan Raoult 2010; Maurin serius (CDC 2005). dan Raoult 1999). Diagnosis yang tepat secara klinis terhadap Agen penyebab tahan terhadap kondisi Q fever sangat sulit dilakukan karena tidak ada lingkungan panas, kering dan tahan terhadap gejala klinis yang khas pada hewan maupun beberapa disinfektan sehingga

Recently converted files (publicly available):